Sejak era otonomi daerah, banyak perubahan yang
terjadi pada pengelolaan pemerintahan dan pembangunan. Otonomi daerah merupakan
paradigma baru dalam pengelolaan pemerintahan dan dipandang sebagai koreksi
atas segala bentuk pemusatan kekuasaan. Lahirnya UU No. 22 Tahun 1999 tentang
Pokok-pokok Pemerintahan di Daerah yang telah disempurnakan dengan UU No. 32
Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah telah menggeser kewenangan pengelolaan
wilayah laut dari pemerintah pusat ke daerah.